Die Arzneipflanzensammlung umfasst u. a. die bekannte Sammlung des Hamburger Apothekers Adolph Oberdörffer aus dem 19. Jahrhundert. Insgesamt sind es ca. 5.000 Objekte. Neben einer Sammlung der gegen Malaria wirksamen Chinarindenbäume sind sowohl europäische als auch subtropische und tropische Arzneipflanzen vertreten. Die ältesten Objekte stammen aus dem 18. Jahrhundert. Etliche in letzter Zeit neu erforschte Arzneipflanzen sind bereits in dieser Sammlung vorhanden.