Nach der Economic Botany Collection (EBC) in Kew (London) ist die Hamburger „Applied Botany Collection“ (ABC) die weltweit zweitgrößte Sammlung von wirtschaftlich und technisch bedeutenden Pflanzen(teilen). Sie umfasst ca. 45.000, teilweise über 200 Jahre alte Objekte in mehreren Teilsammlungen. Von winzig kleinen Samen über riesige Früchte, Fruchtstände und Fasern ist alles vertreten, ebenso bekannte und unbekannte Arzneipflanzen sowie Holzproben und seltene phytopathologische Präparate. Bei der Entstehung der Sammlung spielte die deutsche Kolonialzeit eine wesentliche Rolle. Daher sind vor allem Pflanzen aus den Subtropen und Tropen vertreten, die für den Hamburger Handel wichtig waren. Doch nicht nur aus historischer Sicht ist die ABC von Interesse. Sie bietet darüber hinaus ein reiches Potenzial für Untersuchungen zu Biodiversitätsveränderungen, mikroevolutionären Prozessen und die Suche nach pflanzlichen Rohstoffen als Ersatz für fossile Rohstoffe.

Das Herbarium Hamburgense ist mit über 1,8 Mio. Pflanzenbelegen eines der größten Herbarien in Deutschland. Darunter befinden sich 50.000 sogenannte Typen (Originalexemplare) aus tropischen Gebieten wie etwa Brasilien, Borneo, Indien, Australien und aus den früheren deutschen Kolonien in Afrika, von den pazifischen Inseln und aus Deutschland.

Das etwa 25 Hektar große Freigelände des Botanischen Gartens der Universität Hamburg (Loki-Schmidt-Garten) liegt seit 1979 im Hamburger Westen in Klein Flottbek. Die Schaugewächshäuser des Botanischer Gartens befinden sich in der Nähe des Dammtores, wo der Garten im Jahre 1821 gegründet wurde.

Im Nutzpflanzenmuseum Loki-Schmidt-Haus wird die Vielfalt und Bedeutung der Nutzung pflanzlicher Ressourcen kleinen und großen Besuchern begreifbar und erfassbar gemacht. Produkte aus Nutzpflanzen, die uns alltäglich begegnen, sind zu entdecken.

Schwerpunkt der Microalgae and Zygnematophyceae Collection Hamburg (MZCH) sind über 550 Stämme von Mikroalgen, insbesondere Jochalgen (Zygnematophyceae), mit Isolaten von diversen globalen Standorten. MZCH dient als wissenschaftliche Referenzsammlung für Arbeiten zur Evolution von Mikroalgen sowie deren physiologischen Anpassungen an Extremstandorte.