Zum Bestand der Sondersammlungen und Archivalien gehören die Sammlerakten mit Zugangslisten, Korrespondenzen und Sekundärliteratur, die HBG-Handschriften- und Porträtsammlung, die Begonien-Negativplattensammlung, Sammlungen von Pilz- und Pflanzenaquarellen, eine Holzbibliothek, frühe HBG-Typkarteien, eine Sammlung brasilianischer Vegetationsformationen um 1900 u.a.m.