Die umfangreiche Moossammlung des Herbarium Hamburgense enthält über 100000 Belege und ist sehr reich an besonders wertvollen Typen. Etwa 2.000 Typusbelege wurden im Rahmen eines GBIF-Projektes digitalisiert. Das Moosherbar wurde in den letzten Jahren neu geordnet. Wichtige Sammlungen sind die von E. Ule, W. Mönkemeyer und K. Walther.