Geboren am 18. Oktober 1853 in eine Hamburger Kaufmanns- und Senatorenfamilie, war Werner von Melle eine zentrale Persönlichkeit in der Ausprägung, Gestaltung und Förderung des Hamburger Bildungswesens. Strategisch denkend und gut vernetzt, begann er bereits ab 1891 seiner Vision einer Hamburger Universität den Weg zu bereiten.
Seine jahrelangen Bemühungen um Wissenschaft und Bildung zahlten sich aus: Am 28. März 1919 beschloss die erste demokratisch gewählten Hamburger Bürgerschaft die Gründung der Universität.

Im Jahr 1919 verlieh ihm die Hamburger Universität die philosophische Ehrendoktorwürde und 1921, nach seinem Ausscheiden aus dem Senat, den Titel „Rector magnificus honoris causa“. Als erneute Anerkennung seiner Leistungen und Verdienste um das geistige Leben in Hamburg wurde er im Jahr 1928 außerdem zum Ehrendoktor der Staatswissenschaften ernannt. Bis zu seinem Tod am 18. Februar 1937 blieb von Melle der jungen Universität und der Stadt Hamburg eng verbunden. In einer testamentarischen Verfügung hat Werner von Melle „eine große Anzahl von an mich gerichteten Privatbriefen aus alter und neuer Zeit von Gelehrten, Kaufleuten, Politikern, Dichtern, Künstlern usw. (auswärtigen sowohl wie Hamburgern)“ sowie auch „eine große Sammlung von Kabinettphotographien mehr oder weniger bedeutender Persönlichkeiten, meist mit eigenhändiger Unterschrift“ der Staats- und Universitätsbibliothek Hamburg (SUB) vermacht.