Das Herbarium Hamburgense besitzt eine sehr umfangreiche Pilzsammlung von über 200.000 Belegen mit etwa 20.000 Arten. Der Kern der Pilzsammlung ist das 1918 erworbene Herbarium des bedeutenden Berliner Mykologen P. Magnus. Weitere wichtige Sammlungen stammen unter anderem von E. Ule und A. Möller aus Brasilien oder von dem Hamburger Phytopathologen H. Klebahn.