Die Farnsammlung des Herbarium Hamburgense ist den Kryptogamen zugeordnet und umfasst ca. 50.000 Belege. Sie ist reich an Typen und war für Prof. R. Sadebeck, ehemaliger Direktor des Botanischen Museums Hamburg, eine wichtige Basis bei seiner Bearbeitung der Farne für Engler und Prantls "Natürliche Pflanzenfamilien". Wichtige Teilsammlungen stammen von K. Prantl, K. Müller (Halensis), A. Dietrich u.a.