Die Sammlung für Spinnentiere gehört zu den größten und ältesten ihrer Art in Europa. Hinsichtlich mancher Gruppen (Skorpione, Spinnen und Milben) ist sie eine der international wichtigsten Sammlungen und wird durch aktuelle Forschungsprojekte beständig erweitert. So befindet sich in den Kabinetten eine der weltweit größten Sammlungen von Skorpionen. Auch die berühmte Godeffroy-Sammlung von Spinnen aus Australien und der pazifischen Region, die vor fast 160 Jahren im Auftrag des berühmten Hamburger Kaufmannes Johann Cesar Godeffroy gesammelt wurde und mehrere tausend Arten umfasst, ist darin enthalten. Ebenfalls vorhanden ist eine komplette Sammlung aller in Deutschland vorkommenden Spinnenarten, sowie eine wichtige Referenzsammlung von Milben mit mehr als 32500 Präparaten. Aktuell wird sowohl eine Sammlung von Spinnen im Hamburger Umland aufgebaut, als auch die bestehenden Sammlungen aus Südamerika und Australien erweitert.