Die Herpetologische Sammlung ist mit ca. 90.000 Sammlungsobjekten die fünftgrößte deutsche Sammlung von Kriechtieren (Amphibien und Reptilien). Die Sammlung besteht aus ca. 70 % Reptilien und 30 % Amphibien, überwiegend als Alkoholpräparate. Dazu kommen mehrere Hundert Trockenpräparate (Skelette, Panzer, Reptilienhäute) und mehr als 300 histologische Schnittserien von Amphibien und ihren Larven. Die Sammlung zeichnet sich durch einen hohen Anteil von Stücken aus dem 19. Jahrhundert aus. Die ältesten Objekte sind südamerikanische Schlangen, die Prinz Maximilian zu Wied-Neuwied (1782-1867) gesammelt und beschrieben hat. Die Sammlung beherbergt Exemplare der ausgestorbenen Arten Mauritius-Boa und Kapverdischer Riesen-Skink sowie wertvolle australische Aufsammlungen von Amalie Dietrich (1821-1891).